莲花山磷矿属生物化学沉积型大型矿床，矿体赋存于Ph1、Ph3及Ph2三个层位。Ph1矿石共生的矿物主要为胶磷矿和氟磷灰石，次为白云石，少量的石英、粘土矿物和有机类等。Ph3矿石共生的矿物主要为胶磷矿和氟磷灰石，次为白云石、石英和有机质。Ph2矿石共生的矿物主要为胶磷矿和氟磷灰石，次为白云石，少量石英和有机质。矿石均含微量的陆源碎屑矿物，有机质含量不高但普遍存在，其中的胶磷矿是粒度极细的氟磷灰石。成矿介质是源于秦岭海槽深部富磷硅的热卤水在运移过程中受到海水钙镁氟的混染。温差和洋流驱动矿化热卤水就位于扬子地台边缘的水下凹地，温度变化和生物作用使成矿介质中的活性碳分流，导致磷钙饱和，使磷灰石析出成矿。找矿前景良好。